經(jīng)國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)，自2014年7月起上海醫(yī)藥工業(yè)研究院藥學(xué)一級學(xué)科博士、碩士學(xué)位授予權(quán)以及生物化工學(xué)科碩士學(xué)位授予權(quán)變更為中國醫(yī)藥工業(yè)研究總院。此次變更只涉及到行政主管部門的變更，并不涉及到專業(yè)設(shè)置、導(dǎo)師隊伍、研究方向、科研條件等業(yè)務(wù)內(nèi)容的變化。我院是1979年經(jīng)國務(wù)院學(xué)位評定委員會批準(zhǔn)的具有6個藥學(xué)二級學(xué)科碩士學(xué)位授予權(quán)單位。1981年成為全國首批同時具有博士、碩士學(xué)位授予權(quán)單位（包括著名高校和中科院等科研單位）之一。2000年被國務(wù)院批準(zhǔn)為具有藥學(xué)一級學(xué)科博士學(xué)位授予權(quán)單位（即博士學(xué)位專業(yè)擴(kuò)增至藥學(xué)所有專業(yè)）。現(xiàn)設(shè)有藥學(xué)一級學(xué)科博士后流動站。目前，在藥學(xué)一級學(xué)科下的所有專業(yè)均有招生計劃，包括藥物化學(xué)、藥劑學(xué)、生藥學(xué)、藥物分析學(xué)、微生物與生化藥學(xué)、藥理學(xué)、社會與管理藥學(xué)、臨床藥學(xué)。同時我院還是生物化工碩士點招生單位。

2015年我院研究生培養(yǎng)費(fèi)依舊由本院承擔(dān)。自2014年起國家規(guī)定對于計劃內(nèi)研究生要收取學(xué)費(fèi)，并規(guī)定碩士生每人每年學(xué)費(fèi)不超過8000元。為此，我院對于計劃內(nèi)非定向研究生收取學(xué)費(fèi)3000元/學(xué)年/生，所收學(xué)費(fèi)全部用于提高原有助學(xué)金和獎學(xué)金的標(biāo)準(zhǔn)。助學(xué)金的覆蓋面為100%，獎學(xué)金的覆蓋面不低于80%。